万佛堂下有孔水洞，原为一岩溶洞穴，洞内有泉，水势汹涌。洞壁存有陪大业十年（614年）刻经和隋唐时代雕像。刻经大部溺于水中。

    孔水洞由人工砌成高大的券口，是天然溶洞，洞内有泉，可乘舟驶入。 离洞口不远的石壁上有隋唐时代的造像和刻经。造像高1米，宽2.5米，依岩开凿，总计6尊，与云岗、龙门石窟相似。1982年该洞一度干涸，曾出土动物化石、铁器和7条唐代金龙。万佛堂孔水洞的两翼各有一座塔，左翼是小龛密布的花塔，辽代创建，通高约20米。右翼名叫“龄公和尚舍利塔”，创建于元代，为八角形七级密檐式，通高约18米。万佛堂孔水洞是房山石经早期刻经地点之一，在 “房山石经学”方面占有重要位置。为北京市级重点保护文物。

    另在洞附近小岗上有一座辽代华塔和一座元代砖塔，华塔上有“咸雍六年”、“寿昌七年”等题记和伎乐人砖雕，为探讨我国华塔出现年代提供了实物资料。